با محدودیت منابع و رشد هزینه‌ها، دانشگاه‌های علوم پزشکی برای بهبود اقتصاد سلامت به شفافیت مالی، هزینه‌یابی کارآمد و نظام اطلاعات حسابداری بومی نیاز دارند. هدف این پژوهش، طراحی و اعتباریابی مدل آسیب‌شناسی اقتصاد سلامت در دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور با تأکید بر نظام اطلاعات حسابداری بود. روش پژوهش آمیخته اکتشافی (کیفی–کمی) است. در فاز کیفی، با نظریه داده‌بنیاد (رویکرد استراوس و کوربین) ۲۳ مصاحبه عمیق با اساتید، مدیران و خبرگان مالی انجام و داده‌ها در MAXQDA کدگذاری شد؛ در نتیجه ۱۴۰ کد مفهومی در شش مقوله شرایط علّی، زمینه‌ای، مداخله‌گر، پدیده محوری، راهبردها و پیامدها سازمان‌دهی گردید. در فاز کمی، پرسشنامه محقق‌ساخته ۷۸ سؤالی در میان ۴۰۰ نفر توزیع و ۳۸۹ پرسشنامه تحلیل شد؛ روایی و پایایی با شاخص‌های CFA، AVE، HTMT، آلفای کرونباخ و پایایی ترکیبی تأیید و مدل با PLS-SEM در SmartPLS4 آزمون شد. نتایج نشان داد شرایط علّی (β=0.433)، زمینه‌ای (β=0.427) و مداخله‌گر (β=0.310) حدود ۵۰٪ واریانس پدیده محوری را تبیین می‌کنند (R²=0.499). پدیده محوری بر راهبردها (β=0.682) و پیامدها (β≈0.435) اثر معنادار دارد و راهبردها قوی‌ترین اثر مستقیم را بر پیامدها نشان می‌دهند (β=0.638). این مدل، چارچوبی بومی برای کاهش ناکارآمدی و رانت، افزایش شفافیت و بهبود تخصیص منابع ارائه کرده و تقویت نظام اطلاعات حسابداری، یکپارچه‌سازی سامانه‌ها و ارتقای جایگاه حرفه‌ای حسابداران را پیش‌شرط اصلاح اقتصاد سلامت معرفی می‌کند.